由于历史原因，建国以后，普渡寺地区自然形成一个高密度居民区，普渡寺大殿变成了学校的教室和仓库，普渡寺破损严重，四周的配殿更是不复存在。普渡寺的修缮引起了许多部门和人士的关注，被列入北京市3年“3.3亿元文物抢险修缮工程”项目，东城区财政投资4000多万元，搬迁了普渡寺台上的186户居民，撤并了占用普渡寺大殿的南池子小学，拆除普渡寺周边破旧民房和违法建筑近5000平方米，彻底腾退文物，进行修缮。

　　腾退后，普渡寺的修缮完全按照古建传统工艺及文物整旧如旧的原则进行修缮。殿内的彩画穹顶看起来半新半旧，这是因为在维修时要首先使用旧建筑构件，只有当旧件缺损、数量不够时才用仿制的新件代替。